Amber分子动力学流程

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本教程无脑快速上手，背景知识回头补充

连接服务器

使用MobaXterm软件：
  1. session>
  1. SSH>
  1. remote host输入ip
  1. Specify username输入名字
  1. 进入，输入密码

Linux基本操作

ls查看当前目录下的文件
cd 进入指定路径
pws查看当前工作路径
mkdir 创建新目录
torch 创建新文件夹
top 显示 Linux 进程
nohup 运行不受挂起影响的命令
ping 网络
ifconfig 设置网络
sudo 用其他身份执行命令
./运行可执行命令
history 显示以前命令列表
……用到了搜素现学

环境变量

命令不存在很可能命令没设置成环境变量
注意这个问题就行
如user的：source /opt/scripts/app_setup/enable_amber16.sh

分子对接

如果模拟配体小分子和蛋白质受体的相互作用，需要先进行分子对接。
这样确定了小分子与蛋白的相对位置
在amber中处理时，位置就是对接的相对位置
然后将蛋白和配体单独保存

小分子准备lig0.pdb

  1. 加氢：可使用ds或Avogadro加氢。（pymol加有时报错）或使用reduce命令
  1. antechamber -i lig0.pdb -fi pdb -o lig.mol2 -fo mol2 -c bcc -nc 0
      2. #输出.mol2文件，计算小分子的原子电荷
  • nc 可选参数，用于指定计算后分子的净电荷。该参数后面可以接一个整数或浮点数，表示期望的分子净电荷。如果不设置该参数，Antechamber程序会自己根据输入结构和选用的力场来计算分子的净电荷。
命令解释：antechamber 程序名，-i指定输入文件 -fi 指定输入文件的格式 -o 指定输出文件名字 -c 计算方法 。所有的命令都是这个逻辑，举一反三。
  1. parmchk2 -i lig.mol2 -f mol2 -o lig.frcmod
      2. #检查带有原子电荷的力场库文件（mol2）补齐gaff力场中确实参数

蛋白准备rec0.pdb

pdb4amber -i rec0.pdb -o rec.pdb --reduce --dry
pdb4amber命令用于amber输入pdb格式文件的准备。 --dry会删除晶体结构中的水分子(WATER)，--reduce会对pdb加氢(H)。

生成拓扑和坐标文件

tleap 进入tleap

设置.in文件

解释说明
不同md.in需要修改的地方：
  • 限制原子数
  • 模拟步数

提交任务

请使用脚本提交。
nvidia-smi 查看GPU运行情况，以及编号
qsub提交任务
qdel杀死任务
top #查看运行任务，第一列PID，第二列谁在运行，最后一列任务类型
kill -9 PID #杀死任务
pwdx PID #不知道PID对应哪个任务，查看任务路径

注意事项

  • 各种文件的命名问题
 
空白页面wsl（windows的Linux子系统）
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