charmm-gui构建膜蛋白

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系统提交膜蛋白和小分子的复合物。
需要提前弄小分子的mol2结构。
操作流程：
力场推荐：charmm36或者ff14sb，trip3p水模型，lipid21脂质模型。
模拟脚本：run.sh，包含能量最小化，平衡，prod，gamd0，gamd1.
run.sh脚本编辑换为linux格式
修改gpu序号，共计5处。
是否需要修改prod步数：step7_production.mdin。nstlim=100000000。200ns.
chmod +x ./run.sh
先测试确保无误，bash ./run.sh 再跑bash ./run.sh& lsof ip XXX查看序号谁跑的
 
run脚本
PDBsum使用教程anaconda搭建环境
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