PDBsum使用教程 | lyy 个人博客

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简介

documentation里面有解释，PDBsum 是一个图形数据库，提供了蛋白质数据库(PDB)中每个3D 结构内容的一览。？？不太理解。

它显示了组成结构的分子(即蛋白质链，DNA，配体和金属离子)和它们相互作用的示意图。广泛使用免费提供的 RasMol、 JSmol 和 PyMOL 分子图形程序，以3D 方式查看分子及其相互作用。意思就是2维作用图。

新的补充是包括超过23,000个alphafold预测模型的所有人类蛋白质。

类似于RCSB，不太清楚他俩从属关系

使用说明

上传pdb文件，如果库里直接有的，直接输入编号，就立刻可查看结果。如果自己上传，需要提交，排队，大概10-30分钟。

如果是已发布的 PDB 条目

直接在主页，可以输入code，

文本框Text搜索 PDB 中的信息，比如 TITLE, HEADER, COMPND, SOURCE and AUTHOR records in the PDB。

序列sequence搜索：对 PDB 中的所有序列执行 FASTA 搜索，以获得最接近的匹配列表。

UniProt id (eg P03023, LACI_ECOLI, etc)，

Pfam id （eg PF07992），

Ensemble id （eg ENSG00000086205, ENST00000256999）。

自己上传pdb文件（常用）

找到generate，上传，生成一套完整的 PDBsum 结构分析。

结果

0. 主界面

PROCHECK做的Ramachandran plot（拉氏图）（检测蛋白质构象是否合理）氨基酸残基二面角ψ和φ是否在合理区域。点开PROCHECK又能做很多分析。

1. 蛋白界面

有缩略图，

二级结构，

active site 活性位点ACT 的残基列表

PROSITE 模式？？？不懂

CATH 结构域？？？

二级结构布线图

拓扑图

参考：About PDBsum: Protein page (ebi.ac.uk)

2. ＤＮＡ

缩略图，序列

3. Ligands and metals配体和金属

有配体和金属信息

LIGPLOT对接图。可直接下载pdb。还有List of protein-ligand interactions作用表格。

4. 蛋白蛋白作用

氢键

非键合触点

盐桥

二硫化物键

给出两个蛋白作用的数量pdb文件。详细残基。

自己可出这种作用图，结合位点，作用残基。

5. Tunnels蛋白通道

隧道整体结构计算以及不包括配体的隧道计算

网页计算是利用MOLEonline，半径，长度，形状，极性，水性。

Moleonline2.5

用于快速和全自动定位和表征（生物）大分子结构中的通道、隧道和孔隙，例如蛋白质、RNA、DNA 和生物大分子组装体。 • 分层通道轮廓 - 几何形状、长度和半径 • 层状或通道状物理化学性质（几种类型的通道半径、长度、电荷、极性、亲水指数、疏水性、可变性等） • 通道内衬的残基列表（区分侧链/主链与通道的接触）