绘制蛋白蛋白作用图 | lyy 个人博客

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蛋白在线对接工具

GRAMM 通过预测一系列对接姿势来系统地绘制分子间能量景观对应于稳定（深能量最小值）和瞬态（浅最小值）蛋白质相互作用。

使用：须分别上传配体受体pdb结构文件，可指定对接残基等参数。

结果：在线显示结果，并可下载pdb。

课题组网站为Vakser Lab，专注于开发用于蛋白质相互作用组结构建模的计算方法。战略目标是基于分子结构和相互作用的基本原理，通过开发强大的多尺度建模技术对细胞进行结构建模。该课题组也有许多其他工具如

GRAMMCellDocking-based Cell Modeling，基于docking的多个蛋白质进行Cell Modeling。Dockground，交互技术？数据集？

GWIDD（genome-wide docking database）是在全基因组范围内进行蛋白质-蛋白质相互作用结构研究的综合资源。它将可用的实验数据与通过对接技术构建的模型相结合。GWIDD 包含已知的蛋白质-蛋白质相互作用，并允许输入其他序列和结构来找到相互作用的蛋白质并获得其复合物的结构。

GWYRE 资源包含人类蛋白质和蛋白质复合物的建模和实验确定的结构，由基因突变的表型效应注释。未来版本将包含蛋白质和蛋白质来自其他生物体的复合物、扩展的搜索选项和残基突变的高级评分。

上传pdb文件，但现在浏览器似乎不支持java。

粘贴FASTA格式，或者上传pdb文件。

结果可可视化，不同的rank。

上传序列或pdb

结果

直接在线输入小分子mol2和蛋白pdb，相当于在线运行autodock

vina，不过只能蛋白小分子对接。

结果挺好，还能直接分析作用

许多在线工具可以使用。如

HDOCK Server：蛋白质-蛋白质和蛋白质-DNA/RNA 对接

MODPEP Server ：蛋白质结合肽的快速构象融合生成器

HPEPDOCK：快速的蛋白多肽对接方法

直接在线预测，输入两个蛋白的序列。得到蛋白结合相对位置。

做md，看作用残基，相对运动东，结构变化，自由能变化。