ligplot+安装使用教程

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LigPlot是EMBL-EBI开发的软件，用于以2D方式展示分子对接结果，LIGPLOT，绘制蛋白质和小分子之间的相互作用；DIMPLOT，绘制蛋白之间的相互作用；Antibody plot，绘制抗原抗体之间的相互作用。其余软件还有PLIP和PoseViewer。 LigPlot+ 是我们原始 LIGPLOT 程序的继任者，用于自动生成 2D 配体-蛋白质 交互图。新版的地方：多个配体相同作用可叠加。包含DIMPLOT 程序，可绘制蛋白质-蛋白质或结构域-结构域相互作用。可链接到PyMOL交互。

下载ligplus

  1. edu邮箱申请（https://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/LigPlus/applicence.html）
  1. 安装java运行环境JRE
  1. 安装ligplus，直接解压，找到LigPlus.jar文件，右键用java打开。

使用

定义路径以及目录Edit-Program paths
导入pdb文件，可选择ligplot，dimplot或antibody。
notion image
 

蛋白配体作用

小分子配体或者多肽选择ligplot
notion image

蛋白蛋白作用

导入后选择dimplot。软件识别出来两条链，也可通过右侧的“Domain 1”和“Domain 2”定义分析区域。
notion image

编辑图形外观参数

“Sizes”，修改显示的字体，大小，原子大小，键宽等参数；点击“On/off”，选择需要显示的部分；点击“Colours”修改相应的颜色设置。
鼠标左键拖动元素，右键可放大缩小。页面左下角的“Recenter”使页面重新居中。

保存

菜单栏File--Write PS file保存为.ps文件。或者图形pdf文件。
 
ESM3蛋白大模型学习绘制蛋白蛋白作用图
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