pymol入门

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五个操作

A操作

hydrogens添加删除氢。remove waters清除水。delete object删除。
默认为选择模式。选择模式可变换选择对象residues残基，chains链，segments，objects，molecules，C-alphas，atoms，选中后会在<sele>。
对选中的<sele>操作，duplicate将这个选中复制为object1新的。copy to object将这些选中对象追加到已存在的object或者形成新的object。extract object就是从原来拿走成新对象，这段在原来的就没有了。（不太懂object1和sele1的区别。难道object是实物，而sele1只是选择的？没有sele还有object，但没有object将不存在sele。）
右下角的也可将Viewing换为Editing，编辑模式。可以拉动标签或者残基的位置。
notion image

modify修改

sele的才有modify操作。应该是修改选择的东西。around几埃周围的原子（不算这个），expand眼神几埃周围的原子或者残基，extent按照bonds延申。

preset预设

publication符合出版社质量的结构。ligand sites配体结合位点。b factor puttyB因子显示。
notion image
 

find

找相互作用。poloar contacts，any contacts，pi，clashes。然后选择不同的范围。
notion image
 

align比对

notion image
 

S显示 show和show as的区别

show是直接转换形式，show as是追加
不同的表现形式：
notion image
 

H隐藏

和show原理相同

L标签

就是标注，比如带编号的氨基酸残基，1个字母的，3个字母的，原子的序号，索引等。
notion image
notion image

C颜色

notion image
不同染色方式，
by elements按照元素染色。展示一些关键作用残基的时候可以用。
by chain 按照链，多聚体用
by ss 按照二级结构，查看结构变化用
by rep 按照展示的形式，比如cartoon，stick，surface，不同颜色
by Spectrum 使用基于原子性质的色谱为原子着色

上方工具栏

Wizard-Appearance

感觉是一个点哪里就操作的。比如选择一个color染色，然后点击哪个氨基酸就会被染色。show里可选stick，点哪个就被stick。

Wizard-Measurement测量

距离，夹角，二面角。
notion image

Wizard-Mutagenesis

通过Wizard中的Mutagenesis功能，对蛋白质结构中的氨基酸进行替换。
显示氨基酸残基名称：上方工具栏Display----Sequence Mode----Residue Names。 氨基酸替换：选中残基----Wizard----Mutagenesis----Portein----重新选择氨基酸----右下工具栏No Mutation--- 要突变成的氨基酸----Apply----Done（必须要点击才结束）

Wizard-其他的啥意思呀？？？

保存

  • 图片png，File>export image as>png
  • 结构pdb，File>export molecule>pdb
  • 项目pse，File>Save Session；类似于ps，方便修改
 
 
pwd（英文全拼：print work directory） 命令用于显示工作目录。
老好人自救pymol常用命令
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