PDB | lyy 个人博客

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原文链接：https://blog.csdn.net/weixin_40013463/article/details/81735304

PDB(Protein Data Bank)数据格式详解 - Raymone1125 - 博客园 (cnblogs.com)

PDB(Protein Data Bank)是一种标准文件格式, 其中包含原子的坐标等信息。

PDB格式以文本格式给出信息, 每一行信息称为一个 记录(record)

1. HEADER: 分子类, 公布日期, ID号 2. COMPND: 化合物分子组成

一次性get！6种pdb文件获取方式（附李继存老师翻译版） - 知乎 (zhihu.com)

A: α B: βG: γD: δE: εZ: ζH: η

2.PDB文件获取

以下部分参考了卢天老师的推文http://sobereva.com/43

0（孤独求败，故设为0）

RCSB PDB数据库：http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do

简介：五星级重要的数据库，汇集实验表征以及少数由模拟预测方法获得的蛋白质/核酸结构，可下载或在线观看。目前已经收录172560结构（2020.12.16），每个结构都有唯一的PDB ID。

01NCBI的结构数据库：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/简介：该数据库包含来自多种来源的蛋白质序列记录，包括GenPept，RefSeq，TPA，Swiss-Prot，PIR，PRF和PDB。其中不仅有测到的结构数据，还有一些从核酸序列翻译而来的蛋白质序列文件。

02PDBbind-CN：http://www.pdbbind.org.cn/index.asp简介：上海有机所维护的数据库，该数据库收集了RCSB数据库中筛选出来的生物大分子复合物。包含蛋白质-配体、核酸-配体、蛋白质-核酸、蛋白质-蛋白质等复合物。目前有21382条记录。可以在线观看或下载结构，可根据配体名称、结构搜索含有此配体的复合物。

03MOAD：http://www.bindingmoad.org简介：是RCSB数据库的子集，专门收录蛋白-配体复合物的信息，目前有38702蛋白质-配体结构。可以根据配体，或者根据蛋白酶的EC分类、功能查询。

04sc-PDB：http://bioinfo-pharma.u-strasbg.fr/scPDB简介：收集了RCSB数据库中含有可以为药物结合的位点的蛋白。可根据配体、蛋白、结合方式为特征进行搜索。

05PDBTM跨膜蛋白质数据库：http://pdbtm.enzim.hu简介：收集了RCSB蛋白质数据库中所有跨膜蛋白。

HETATM: 非标准残基的原子. 记述非标准残基(标准氨基酸以及核酸以外的化合物, 包括抑制剂, 辅因子, 离子, 溶剂)中各原子的原子名称, 残基名称, 直角坐标(单位埃), 占有率, 温度因子等信息. 与ATOM记录的唯一区别在于HETATM残基默认情况下不会与其他残基相连. 注意, 水分子也应放在此记录中.

兰纳-琼斯势（Lennard-Jones potential），又称L-J势6-12势, 或12-6势，是用来模拟两个电中性的分子或原子间相互作用势能的一个比较简单的数学模型。最早由数学家约翰·兰纳-琼斯于1924年提出。由于其解析形式简单而被广泛使用，特别是用来描述惰性气体分子间相互作用尤为精确